Florian Juncker studierte Posaune an der Hochschule für Musik Hanns Eisler Berlin und der Norwegischen Musikhochschule in Oslo. Seinen ersten Posaunenunterricht hatte Florian bei Thomas Wiedermann an der Musikschule Neukölln erhalten. Durch ihn wurde Florian schon sehr früh auf die vielfältigen spieltechnischen Möglichkeiten der Posaune aufmerksam und dadurch auch sein Interesse an der Neuen Musik und dem Jazz geweckt. Bereits vor seinem Studium arbeitete Florian in zahlreichen Projekten eng mit dem Komponisten und Bandleiter Hannes Zerbe zusammen, u.a. für Theatermusiken sowie mit dessen Jazzorchester Prokopätz oder im Duo. In den letzten Jahren konzertierte er als Gast unter anderen mit dem Ensemble Modern, dem Ensemble Resonanz, dem Remix Ensemble, Stargaze, Ensemble Kaleidoskop und mit Prague Modern. Als festes Mitglied oder Initiator ist Florian in mehreren Projekten aktiv, dazu zählt das Hannes Zerbe Jazzorchester, Brandt Brauer Frick Ensemble (Minimal Music/ Techno), Daniel Brandt- eternal something (Electro Indie), Joachim Gies Ensemble X (Neue Musik/ Impro.), S.A.F.T. ( Impro, Gamepieces) und mit dem Ensemble LUX:NM( Neue Musik) mit dem er zuletzt den Preis der deutschen Schallplattenkritik gewann. Für das Ensemble Lux:nm arbeitet Florian auch als Kurator und Konzeptentwickler.  Seine internationale Konzerttätigkeit führte Florian zu Festivals wie zum Beispiel Prague Spring, Warschauer Herbst, Lucerne Festival, Eurosonic Festival, Montreux Jazz Festival, North Sea Jazz Festival, Glastonbury Festival, Maerz Musik Berlin. Eigene Kompositionen schrieb er für sein Jazztrio mit Jörg Schippa und Denis Stilke und für ein Duo mit der Akkordeonistin Silke Lange.